2002年擔任同濟大學(xué)校長(cháng)助理，2003年擔任同濟大學(xué)副校長(cháng)(主持工作)，2004年7月起擔任同濟大學(xué)校長(cháng)。還兼任同濟大學(xué)新能源汽車(chē)工程中心主任。萬(wàn)鋼是第十屆全國政協(xié)常委。2006年任上海市科協(xié)副主席，2006年12月任中國致公黨主央副主席。2007年4月任科學(xué)技術(shù)部部長(cháng)。2007年12月任中國致公黨主席。2012年12月，擔任中國致公黨第十四屆中央委員會(huì )主席。