不僅是三峽庫區魚(yú)類(lèi)生態(tài)平衡遭受破壞，放眼整個(gè)長(cháng)江流域，水生生物多樣性也正面臨嚴峻挑戰。曾幾何時(shí)，長(cháng)江淡水生態(tài)系統在我國乃至世界都具有十分重要的地位和作用，水生生物多樣性具有巨大的經(jīng)濟、社會(huì )、生態(tài)和科學(xué)價(jià)值，長(cháng)江經(jīng)濟水產(chǎn)品一直是我國淡水漁業(yè)的支柱，漁業(yè)產(chǎn)量占全國的60%以上。但是，隨著(zhù)長(cháng)江經(jīng)濟帶的迅猛發(fā)展，不可避免導致了長(cháng)江水生生物資源衰退、物種瀕�；蛳�亡。

　　魚(yú)類(lèi)捕撈量逐年下降

　　據不完全統計，長(cháng)江中有魚(yú)類(lèi)17目52科178屬370種，其中，特有魚(yú)類(lèi)42種，重要經(jīng)濟魚(yú)類(lèi)36種。其他動(dòng)物有白鰭豚、揚子鱷和大鯢等。在長(cháng)江珍稀水生動(dòng)物中，除鰣魚(yú)近年來(lái)未捕獲外，被列為國家一級或二級野生保護動(dòng)物的中華鱘、白鱘、達氏鱘、白鰭豚、揚子鱷、江豚、胭脂魚(yú)、淞江鱸等均能生存繁衍，但種群數量呈逐年下降的趨勢。
　　受水域污染、過(guò)度捕撈和水利工程建設等因素的影響，長(cháng)江瀕危物種增多，有20多種魚(yú)類(lèi)被列入中國瀕危動(dòng)物紅皮書(shū)；主要經(jīng)濟魚(yú)類(lèi)趨于低齡化和小型化；魚(yú)類(lèi)種群數量減少，一些重要經(jīng)濟魚(yú)類(lèi)已經(jīng)不能形成實(shí)際產(chǎn)量。
　　捕撈產(chǎn)量的下降是長(cháng)江漁業(yè)嚴重衰退的一個(gè)直觀(guān)反映。統計表明，上世紀70年代，長(cháng)江每年魚(yú)類(lèi)的捕撈量為20余萬(wàn)噸，而最近幾年的捕撈量下降到10萬(wàn)噸左右，不足最高年份的1/4。捕撈機械化程度和技術(shù)的提高，使得捕撈能力極大增強，而捕撈量反而下降，故長(cháng)江魚(yú)類(lèi)捕撈量的下降是反映長(cháng)江漁業(yè)資源下降的最直接指標。長(cháng)江主要經(jīng)濟水生物動(dòng)物補充量急劇下降。長(cháng)江“四大家魚(yú)”(青魚(yú)、草魚(yú)、鰱魚(yú)、鳙魚(yú))，中華絨毛蟹和日本鰻等長(cháng)江主導水生經(jīng)濟動(dòng)物，苗種發(fā)生量急劇下降，已不能形成魚(yú)汛�！八拇蠹音~(yú)”魚(yú)苗曾經(jīng)是水產(chǎn)養殖的惟一苗種來(lái)源，由1950年至1960年的300多億尾降為目前的不足10億尾，長(cháng)江口的中華絨毛蟹和日本鰻已經(jīng)不能形成明顯的苗汛。

　　水生生物種群數量不斷減少

　　同時(shí)，長(cháng)江魚(yú)類(lèi)群結構顯著(zhù)變化，多樣性喪失。據了解，長(cháng)江“四大家魚(yú)”在漁獲物中的比例已從上世紀60年代中期的20%-30%下降到目前的5%左右。長(cháng)江下游江段有70多種淡水經(jīng)濟魚(yú)類(lèi)，近20年來(lái)，除河口區鳳鱭資源相對穩定外，鱸魚(yú)、銀魚(yú)、鯔魚(yú)及一些貝類(lèi)生物都已大幅度減產(chǎn)，而中華絨毛蟹、刀鱭資源明顯下降。長(cháng)江下游漁獲中，小型魚(yú)、蝦、蟹類(lèi)占漁獲物總量的50%左右，群落結構小型化明顯。專(zhuān)家認為，魚(yú)類(lèi)物種多樣性指數呈現出逐年減少的趨勢，表明物種多樣性正逐步喪失。
　　此外，分布在長(cháng)江流域的水生生物，由于過(guò)度利用和環(huán)境不斷惡化，其物種數量大幅度下降，許多原來(lái)數量比較大的物種已大幅度下降，有的物種已經(jīng)處于瀕危狀態(tài)，特別是水生動(dòng)物的受威脅程度高。位列“長(cháng)江三鮮”之首的長(cháng)江鰣魚(yú)，上世紀60年代末至70年代末的10年間，年平均產(chǎn)量近50萬(wàn)公斤，年產(chǎn)量最高可達160萬(wàn)公斤，現在已基本絕跡。中華鱘、胭脂魚(yú)等已從重要的經(jīng)濟魚(yú)類(lèi)淪為瀕危物種。根據《中國瀕危動(dòng)物紅皮書(shū)》統計，分布于長(cháng)江水系的水生動(dòng)物中，受威脅魚(yú)類(lèi)比例18.25%(69種)、兩棲類(lèi)47.59%(69種)、爬行類(lèi)32.53%(54種)，在全國內陸水域受威脅比例最高。

　　過(guò)度開(kāi)發(fā)、環(huán)境污染是禍根

　　專(zhuān)家認為，過(guò)度開(kāi)發(fā)利用、水環(huán)境污染、棲息地退化或喪失等因素是影響長(cháng)江流域水生生物特別是魚(yú)類(lèi)多樣性的重要因素，這些因素或相牽連、或相互疊加，致使水生生物多樣性嚴重喪失。
　　過(guò)去和當前正在進(jìn)行的水電開(kāi)發(fā)使得長(cháng)江流域水域生態(tài)環(huán)境發(fā)生重大變化，魚(yú)類(lèi)原有的棲息地和產(chǎn)卵地喪失，魚(yú)類(lèi)洄游受阻。據了解，到2005年，長(cháng)江流域已建設水庫45000多座，已建和在建的水電站有2400多座。專(zhuān)家分析，水電開(kāi)發(fā)的結果是水壩的上游由流水性的流動(dòng)河流變成相對靜止的水庫，流水性魚(yú)類(lèi)的生境大幅度減少，產(chǎn)卵場(chǎng)被水庫淹沒(méi)，生物群落由流水生態(tài)型向靜水生態(tài)型演變，大批在生活史中需要流水生態(tài)的水生生態(tài)失去了適宜的棲息環(huán)境。水壩和水庫，阻止了需要洄游的魚(yú)類(lèi)成體和幼體的上下自由遷移。對于部分大型水利樞紐，在水壩的下游，由于水庫的運行調度，改變了壩下水文季節節律，影響了壩下游魚(yú)類(lèi)的繁殖和生長(cháng)，部分高壩泄水，導致氣體過(guò)飽和現象，會(huì )對壩下數百公里河流中魚(yú)類(lèi)產(chǎn)生負面影響。
　　長(cháng)江上游水電工程建設，將在一定程度上改變江湖的季節水位關(guān)系，一方面導致湖泊在魚(yú)類(lèi)生長(cháng)期的水面減小，另一方面導致在長(cháng)江繁殖的魚(yú)苗無(wú)法進(jìn)入湖泊生長(cháng)繁育。按照已有水電建設規劃實(shí)施水電開(kāi)發(fā)，對長(cháng)江上游水生生物將產(chǎn)生深遠影響，流水性魚(yú)類(lèi)，特別是眾多的長(cháng)江上游的特有魚(yú)類(lèi)將面臨滅絕的威脅。
　　此外，江湖阻隔和圍墾導致魚(yú)類(lèi)棲息地大幅度喪失。據統計，近50年來(lái)長(cháng)江全流域共減少水域面積12000平方公里，僅22個(gè)重要湖泊就減少湖容567億立方米。20世紀50年代，江漢湖群尚有湖泊1006個(gè)，湖面8300平方公里，因圍墾填湖現在已銳減到309個(gè)，湖面已不足2656平方公里，面積減少了68%。這極大減少了水生生物的棲息面積。同時(shí)導致洄游性魚(yú)類(lèi)的洄游通道喪失，魚(yú)類(lèi)等水生生物種類(lèi)數明顯下降。
　　日益嚴峻的環(huán)境污染威脅長(cháng)江流域魚(yú)類(lèi)多樣性。改革開(kāi)放以來(lái)，長(cháng)江沿岸的化工、農業(yè)、城鎮得到快速發(fā)展，排污量隨之增大，長(cháng)江水系受到不同程度污染。長(cháng)江流域水資源量約占全國的36%，目前流域、排污總量約占全國的34%，盡管長(cháng)江干流和部分湖泊的水質(zhì)狀況良好，仍然適合水生生物的生長(cháng)和繁衍，但是部分支流和多數湖泊，水質(zhì)污染較嚴重，檢測到的污染物有40多種，特別是一些持久性污染物和重金屬超標，對長(cháng)江魚(yú)類(lèi)造成了嚴重損失和持久性影響。