對于備受關(guān)注和猜測的跨行轉賬費用，也在超級網(wǎng)銀上線(xiàn)后幾日塵埃落定。目前絕大多數銀行的超級網(wǎng)銀跨轉費用基本等同于其普通網(wǎng)銀轉賬費用，僅有少數銀行某些費用有所提高。
　　目前中國銀行、工商銀行、建設銀行、交通銀行等行，超級網(wǎng)銀跨轉費用與其普通網(wǎng)銀持平，沒(méi)有變化。而中信銀行和民生銀行客服人員表示，現階段使用該行的系統登錄超級網(wǎng)銀進(jìn)行同城跨行轉賬，不收取任何費用。如果使用本行系統進(jìn)行同城跨行轉賬，卻會(huì )收取一定的費用。
    相比之下，招商銀行和興業(yè)銀行在某些業(yè)務(wù)上收費則有所提高。
　　招商銀行客服人員表示，用招行的超級網(wǎng)銀進(jìn)行跨轉時(shí)，無(wú)論同城還是異地，手續費均按每筆轉賬金額的0.6%收取，最低5元，最高50元，這項費用與招行普通網(wǎng)銀的異地跨行轉賬費用相同，而其普通網(wǎng)銀同城跨行轉賬是每筆2元。所以用招行超級網(wǎng)銀進(jìn)行同城跨轉的收費則高于其普通網(wǎng)銀。不過(guò)招商銀行金葵花客戶(hù)依然保留了跨轉免費的優(yōu)惠，金葵花客戶(hù)在使用超級網(wǎng)銀跨轉時(shí)依然不收取手續費。
　　興業(yè)銀行的客服人員則表示，如果在興業(yè)銀行使用超級網(wǎng)銀進(jìn)行同城跨行轉賬，1萬(wàn)元以下（含）每筆收取5.5元，1萬(wàn)元至5萬(wàn)元（含）轉賬每筆收取10.5元，雖然這一費用與多數銀行相同，但是使用該行網(wǎng)銀進(jìn)行同城跨行轉賬則是免費的。
　　除了跨轉收費問(wèn)題以外，超級網(wǎng)銀的安全問(wèn)題也成為被關(guān)注的焦點(diǎn)。
　　“超級網(wǎng)銀”一經(jīng)推出必將擴大在線(xiàn)交易的市場(chǎng)規模，隨之而來(lái)是，伴隨“超級網(wǎng)銀”衍生出的交易安全風(fēng)險級別也陡然提高。與之前的普通網(wǎng)銀相比，一旦超級網(wǎng)銀用戶(hù)受到木馬病毒襲擊，繼而泄露賬號、密碼、甚至口令卡、U盾等安全信息被破解，那么用戶(hù)失去的將不僅僅是一家銀行的存款。
　　而且目前，如果想要開(kāi)通多家銀行的超級網(wǎng)銀，除了要經(jīng)過(guò)復雜認證手續外，還需要在每家銀行都辦理U盾等“安全鑰匙”，如果開(kāi)通10家銀行的超級網(wǎng)銀，就意味著(zhù)用戶(hù)要持有10個(gè)U盾，作為硬件的U盾本身遺失風(fēng)險也在提高。
　　采訪(fǎng)中，多家安全軟件開(kāi)發(fā)方都對記者表示，他們正在開(kāi)發(fā)升級自己的產(chǎn)品，卡巴斯基正在完善其軟件產(chǎn)品“安全部隊”，這款軟件是為徹底解除在線(xiàn)交易隱患而專(zhuān)門(mén)研發(fā)的產(chǎn)品。