省聯(lián)社在2004年以來(lái)的農信社改革過(guò)程中，充分發(fā)揮了管理、指導、協(xié)調和服務(wù)的行業(yè)管理職能，發(fā)揮了積極的歷史作用。在管理目標多元化（目標之間還不完全一致），可用的有效工具不足的情況下，省聯(lián)社管理難免出現“越位、錯位和缺位”的現象。隨著(zhù)大量農信社轉制為農商行后，省聯(lián)社與農商行之間的沖突開(kāi)始增加，主要集中在以下三個(gè)方面：
　　一是中后臺的效率問(wèn)題。分散的小規模農信社很難實(shí)現金融業(yè)務(wù)發(fā)展所需要的規模效應，省聯(lián)社具有集中全省力量提供中后臺服務(wù)的規模優(yōu)勢。但不同地區農信社業(yè)務(wù)水平差異較大，特別是城郊區轉為農商行的機構，其對中后臺（主要是清結算等IT系統和產(chǎn)品開(kāi)發(fā)）的效率提出了更高的要求。省聯(lián)社從成本考慮，同時(shí)當心農商行最終脫離省聯(lián)社的管理 （目前并不明確），并沒(méi)有動(dòng)力為效率較高的農商行提供高規格的中后臺服務(wù)。這些農商行或者自己開(kāi)發(fā)中后臺系統，或者積極與其他股份制銀行合作。省聯(lián)社的中后臺服務(wù)能力與部分農商行的需求出現了差異，沖突逐步累積。
　　二是人、財、物的管理問(wèn)題。為了有效控制風(fēng)險，省聯(lián)社往往從人（有些省聯(lián)社只管高管，有些管到一般員工，有些則對任何人員包括臨時(shí)工都管）、財（包括對閑置資金的集中使用和超過(guò)一定金額的貸款審批）、物（主要是對固定資產(chǎn)的管理）等三個(gè)方面對縣級農信社（農商社）進(jìn)行管理。在這種管理方式下，有利于防止地方政府干預以及控制風(fēng)險，適合于管理能力較弱的農信社，但對于效率較高的農商行，特別是股東有較強管理能力的農商行，則帶來(lái)了一定的沖突。
　　三是農商行股東利益和省聯(lián)社利益的沖突。股份制是從單個(gè)法人機構出發(fā)，以股東利益為重點(diǎn)，兼顧社會(huì )、員工等利益，與農信社（農商行）的部分政策屬性、省聯(lián)社的主管 （考慮全省行業(yè)的發(fā)展）及監管（即包括業(yè)務(wù)上的監管，也承擔著(zhù)省政府風(fēng)險化解的職責）目標并不完全一致（與行業(yè)服務(wù)和銀行總行的職責相一致的較多）。省聯(lián)社市場(chǎng)化的管理手段有限，通過(guò)服務(wù)實(shí)現管理的觀(guān)念還沒(méi)有形成，有一些省份行政性手段運用得較多，甚至存在過(guò)分干預的現象，加劇了兩者之間的利益分歧。

政府在農信社系統中角色轉變需要盡快推動(dòng)農信社系統改革

　　政府尤其是省政府在2004年以來(lái)的農信社系統改革中發(fā)揮了重要作用。一是協(xié)助農信社收回不良貸款，尤其是政府融資性不良貸款；二是協(xié)助農信社化解歷史包袱，包括通過(guò)稅收返還、現金捐贈以及資產(chǎn)置換等方式提供扶持資金，協(xié)助推動(dòng)農信社增資擴股，部分省市甚至籌集專(zhuān)項風(fēng)險資金，為農信社系統建立風(fēng)險資金；三是省政府管理為農信社提供了信用保證，事實(shí)上提供了隱性擔保，提升農信社的信用度；四是幫助解決了土地、房產(chǎn)等資產(chǎn)確權工作等歷史遺留問(wèn)題；五是部分省市取消歧視性政策，并給予一定的業(yè)務(wù)支持和補助。允許涉農部門(mén)和單位在農信社開(kāi)立存款賬戶(hù)，允許將各類(lèi)涉農資金通過(guò)農信社管理和發(fā)放，允許財政預算外資金存入農村信用社。
　　但農商行（農信社）經(jīng)營(yíng)狀況好轉后，政府對發(fā)展好的法人機構開(kāi)始有訴求了，對其支持地方建設有一定的要求。此外，地方各種外部檢查頻繁，有更強的干預動(dòng)機。除省聯(lián)社和銀監局加大檢查力度外，人行、稅務(wù)、財政、審計、行風(fēng)評議、效能監察等，對其日常工作開(kāi)展有一定的影響。部分地方甚至出現某一年所有的縣級信用社理事長(cháng)全部由監管部門(mén)指派的現象。為此，需要盡快推動(dòng)農信社系統的改革，用制度的方式明確政府各級管理部門(mén)與農信社之間的關(guān)系。

宏觀(guān)和監管政策給農信社改革帶來(lái)挑戰

　　農信社目前面臨的困境，有相當部分是行政性宏觀(guān)政策以及宏觀(guān)部門(mén)政策不協(xié)調帶來(lái)的，是所有金融機構都普遍面臨的問(wèn)題。如貸款規模管理給農信社的業(yè)務(wù)拓展帶來(lái)額外約束。除部分地區 （如內蒙古）信用社（含農商行）的存貸比較高外，大部分地區的存貸比普遍較低，但受貸款規模的嚴格限制，制約了農信社（農商行）業(yè)務(wù)的擴張。
　　其次，省聯(lián)社市場(chǎng)化的管理手段有限，通過(guò)服務(wù)實(shí)現管理的觀(guān)念還沒(méi)有形成，有一些省份行政性手段運用得較多，甚至存在過(guò)分干預的現象，加劇了兩者之間的利益分歧。
　　另外，縣級法人的治理機制與其運行模式存在差異性。我國地方差異較大，并不是所有縣都具備設立法人機構，也不是所有經(jīng)營(yíng)好的農信社都應轉化為農商行，放棄農信社原有的品牌和管理模式。實(shí)際上，相當部分農商行的內部治理機制的約束力有限，有些甚至只是具備形式。農信社選擇改制為農商行，除了政府和監管部門(mén)大力推動(dòng)外，一方面是為了能獲得跨區經(jīng)營(yíng)的便利，另一方面則是希望引入外部股權，通過(guò)溢價(jià)的方式解決資本和歷史包袱（經(jīng)營(yíng)好的農信社也有溢價(jià)，通過(guò)改制來(lái)增資擴股的意愿并不強烈）。但是設立農商行后，需要按照股份制銀行設立部門(mén)，強調組織的完整性，管理人員從原來(lái)的三四個(gè)增加到十幾個(gè)，管理成本（工資和協(xié)調成本）大幅增加。由于農信社吸引的大部分外部股東的金融知識和管理能力有限，不能很好發(fā)揮股東的約束作用，但更加強調盈利和關(guān)聯(lián)貸款要求。在股份制改造過(guò)程中，還涉及股東人數不能超過(guò)200人，員工持股比例受到嚴格限制等。
　　從農信社改革方面，不同管理部門(mén)對農信社（農商行）的不同理解，導致不同的政策設計，影響了農信社的改革。如農信社與農商行在服務(wù)“三農”及小微企業(yè)方面，政策并沒(méi)有根本改變，都要求“兩個(gè)不少于”，這反映了監管部門(mén)對農信社和農商行的業(yè)務(wù)定位。但農信社轉制為農商行后，不再享有農信社的法定存款準備金率（一次性提高了4個(gè)百分點(diǎn)，顯著(zhù)增加了農商行的綜合成本）和所得稅優(yōu)惠（農信社不需要繳納所得稅，農商行需要繳納），改制的直接成本是很高的。在全國范圍內，雖然高度認可農信社支農的政策性意義，但在具體政策方面，卻不能享有與國有銀行一樣的政策優(yōu)惠。如農信社接收、處置抵債資產(chǎn)，農信社向資產(chǎn)管理公司出售不良資產(chǎn)，不能享有稅費減免政策。