十八大之后，我國行政體制改革思路進(jìn)一步理清，“大部制”呼之欲出。這將是改革開(kāi)放以來(lái)我國行政體制改革又一次大動(dòng)作，是“深水區”的作業(yè)，面臨著(zhù)四道難題。
    首先是權力整合難。本屆國務(wù)院機構組成，除辦公廳外，共有27個(gè)部門(mén)，特設機構1個(gè)、直屬機構16個(gè)、辦事機構4個(gè)、部委管理的國家局16個(gè)、直屬事業(yè)單位14個(gè)，另外還有100多個(gè)議事協(xié)調機構，數量之多、類(lèi)型之多、分工之細超過(guò)世界許多國家。
    這么多機構都是上一波改革的既得利益者，每個(gè)部委辦局手里都掌控顯赫的權力，掌管著(zhù)豐厚的公共管理資源。實(shí)行大部制，解決政府機構職能交叉、重疊引發(fā)的政府管理問(wèn)題，就要從現有行政機構把職能交叉、重疊的行政資源合并重組，變“九龍治水”為“一龍治水”。這些交叉、重疊的職能部門(mén)盤(pán)根錯節，要整合這些行政資源，就像剝蠶絲一樣，每一根絲都會(huì )觸動(dòng)一大片官場(chǎng)神經(jīng)，稍有不慎，不是形成權力真空，就是形成新的權力交叉、重疊。大部制下，相關(guān)幾個(gè)部的權力重新洗牌，整合到一塊，既要大刀闊斧，又要心細如麻，做到平穩過(guò)渡，無(wú)縫銜接，無(wú)不是對改革者的政治智慧和操作水平的嚴峻考驗。
    其次是人員分流難。在大部制下，機構減少了，官位勢必也減少。這勢必帶來(lái)人員分流。而分流人員是歷次機構改革最為棘手的事。畢竟，公務(wù)員是國家整體運行寶貴的人力資源，是維護正常國家秩序的保障和基礎，公務(wù)員隊伍的穩定，關(guān)乎社會(huì )穩定。
    若以1998年機構改革人員分流為鑒，則基本辦法有帶職分流、定向培訓、加強企業(yè)和優(yōu)化結構四種，顯然都有不小的局限性。帶職分流，就是定編定員后，超編人員保留職級，離開(kāi)機關(guān)。那么保留職級后到哪里去呢？如果另外設置一些事業(yè)編制機構或者官辦的中介、行業(yè)協(xié)會(huì )等消化這部分人員，搞體外循環(huán)，既增加了改革成本，又增添了新的“準”管理機構。定向培訓，就是對離崗公務(wù)員進(jìn)行會(huì )計、審計、法律、經(jīng)濟管理、教育管理等方面知識的正規培訓，為走向新的崗位作準備。這個(gè)渠道僅是權宜之計，參加培訓的人如果是年輕骨干，本應留在新組建的大部里，如果是“惡補”性質(zhì)的培訓，原本“底氣不足”，培訓后又能去哪里呢？而加強企業(yè)，就是選調定向培訓后的人員首先充實(shí)工商企業(yè)、金融企業(yè)，以及財稅、政法、市場(chǎng)管理等執法機構，文化、教育、衛生等單位和適應社會(huì )主義市場(chǎng)經(jīng)濟發(fā)展的社會(huì )中介組織。這又使上述這些機構人員膨脹。至于優(yōu)化結構，就是通過(guò)人員分流，調整政府和企業(yè)、機關(guān)和基層人員的年齡結構、知識結構和專(zhuān)業(yè)結構，達到優(yōu)化組合，全面提高公務(wù)員隊伍和基層工作人員的整體素質(zhì)。這一點(diǎn)是機構改革成敗的關(guān)鍵。
    1998年的機構改革，人員分流大多流產(chǎn)。因此，機構改革人員分流的方法恐怕不可再繼續沿用，而需要謀劃新的分流方式。
    再次是機制磨合難。追蹤溯源，大部制組織架構設想并非是機制上的創(chuàng )新。早在上世紀50年代，已有國家經(jīng)委這樣的大部委設立；2003年國家設立商務(wù)部，就是將原外經(jīng)貿部、國內貿易部以及原國家計委、國家經(jīng)貿委的部分職能整合組建之舉，可以視作大部制的“熱身”。一個(gè)整合了不同部門(mén)利益的強勢大部委，可打破現有部門(mén)利益格局，消解部門(mén)之間挈肘因素，壓制部門(mén)利益追求沖動(dòng)，從更宏觀(guān)和科學(xué)的角度進(jìn)行政策決策、執行和監督。
    可是，專(zhuān)家們擔心，大部制不是簡(jiǎn)單地等同于部門(mén)拼湊，而應有更深刻的理念跟進(jìn)。過(guò)去的大部委運行之所以不盡如人意，原因就在于與舊有的行政思維過(guò)多妥協(xié)。新的大部委理應具有新的執政內涵，避免以新“大”代替過(guò)去的舊“大”。
    大部制絕非幾個(gè)“小部”的簡(jiǎn)單疊加，如果是那樣的話(huà)，在大部制下，原來(lái)的“部”降格為“司”，但手中的權沒(méi)有變，仍然行使過(guò)去“部”的職權，改革就沒(méi)有意義。在大部制下，機構內部、外部，上下之間的磨合，與上級機構設置如何對接，怎樣才能不重復、不重疊等等，都是改革非得解決不可的問(wèn)題。
    此外，還有運行監督難。實(shí)行大部制管理后，權力和財力勢必更加集中，一個(gè)部門(mén)的權力更大了，能不能建立起有效的權力約束機制，能不能有效遏制部門(mén)利益，怎樣防止因權力過(guò)度集中而產(chǎn)生的腐敗問(wèn)題，成為影響改革的一大關(guān)鍵因素。
    大部制機構設置，有可能通過(guò)改變組織形態(tài)來(lái)抑制部門(mén)職能交叉、政出多門(mén)、相互扯皮的問(wèn)題。但也有人擔心，大部制改革也可能把分散的部門(mén)利益，積聚為集中的部門(mén)利益。如果某部門(mén)變?yōu)橐粋�(gè)權力很大的超級部門(mén)，難免“尾大不掉”，對它監督恐怕會(huì )更加困難。
    無(wú)疑，如何建立健全決策權、執行權、監督權既相互制約又相互協(xié)調的權力結構和運行機制，是大部制改革最為關(guān)鍵之舉。